Atol składa się z czterech rozległych wysp koralowych zamykających płytką lagunę. Grupa wysp otoczona jest z kolei rafą koralową. Atol Aldabra, trudno dostępny i odizolowany, uchronił się od wpływu człowieka i stał się schronieniem dla około 152 tys. olbrzymich żółwi lądowych, największej populacji tych gadów na świecie.