Wewnątrz wyspy Yaku, Yakushima położona jest w miejscu styku obszarów zoogeograficznych Palearktyki i krainy orientalnej. Porasta ją bogata flora (1900 gatunków i podgatunków), wśród których bardzo stare okazy cedru japońskiego sugi, jak również relikt jedynego w regionie pierwotnego lasu wilgotnego ciepłej strefy umiarkowanej.